福建省儿童医院是我省卫生健康领域开工建设民生补短板项目的重中之重，列入《福建省“十三五”卫生计生事业发展专项规划》，纳入省政府立项挂牌办理内容。医院将建成为集医疗、预防、保健、康复、科研、教学于一体，引入一站式医疗体验、全时间生理监护、网络化远程医院、数字化手术中心、自动化物流系统等智慧服务设计理念，符合国家儿童区域医疗中心设置标准的大型专业的儿童医院。

医院各建筑单体通过医疗主街相联，由南往北设有南病房楼、医技楼、北病房楼和科研行政医学中心，医疗街往东设有门诊楼和配套用房及教学交流中心，鸟瞰建筑的外轮廓近似半个圆环，构建出“虚圆实方”的整体建筑造型。设计方案荣获2017年中国医院建设匠心奖年度优秀项目。医院在病房、走道、公区均采用了抗菌医疗板作为护墙板，使用面积约5万平米，抗菌医疗板防潮防霉，耐污抗菌，提供健康、洁净的空间。